Aldeia sendo desmontada em 1560
Em 1560, devido às rivalidades entre os padres jesuítas de Piratininga e o alcaide, além dos conflitos com os povos indígenas da Confederação dos Tamoios (Os antigos donos da terra ), entre eles os índios carijós (mestiços), obrigou o governador-geral Mem de Sá a transferir a vila de Santo André para os campos de Piratininga, onde desde 1554 já se localizava o Colégio dos Jesuítas (berço de São Paulo), desse modo a vila foi extinta. Esta cidade nada tem a ver com a atual cidade de Santo André.
As cidades ficavam cerca de 18 quilômetros uma da outra e na iminência de um confronto com os índios, nada justificava ter que manter duas frentes de combate. Além do mais, do ponto de vista da segurança, a localização topográfica de São Paulo era perfeita: situava-se numa colina alta e plana, cercada por dois rios, o Tamanduateí e o Anhangabaú.
A construção ficava perto de um despenhadeiro, no alto do Inhapuambuçu com vista para o Leste, local de vigilância contra as incursões Tupinambás que chegavam do Litoral Norte e do Vale do Paraíba. Esta colina era de fato um pequeno planalto, constituído de mata densa com alguns caminhos como os do Inhapuambuçu,
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