Brás Cubas (1507-1592), ao invés de recuperar o porto de São Vicente, decidiu montar novo porto na região do Enguaguaçu (enseada maior), local mais protegido, para onde foi transferido o porto em 1541, que ficava na Ponta da Praia, na atual Ponte dos Práticos, para o outro lado da ilha, o lagamar de Enguaguaçu, hoje Centro da Cidade. O simples fato do nome do local ser indígena, e não português, evidencia que a iniciativa não foi oficial. Brás Cubas atraiu para ali colonos de áreas próximas e fundou um povoado, que futuramente receberia o nome de Santos e promoveu melhorias , quando foi instalado o primeiro hospital da América, a Santa Casa de Misericórdia de Todos os Santos, por iniciativa de Brás Cubas e que acabou originado o nome da cidade. Oficialmente, a fundação é comemorada como 1546. Muitos consideram a transferência do porto como a verdadeira fundação de Santos. Outros apontam 1º de novembro de 1543 como a data histórica. Brás Cubas governou por duas vezes a Capitania de São Vicente (1545-1549 e 1555-1556)
A vila São Vicente entra assim em declínio.
